一種利用添加化學消泡劑的方式來解決泡沫的消泡法，也是目前應用廣泛的消泡方法。根據PMI泡沫形成的因素，可以選擇作用機制不同的消泡劑。消泡劑都是表面活性劑，具有較低的表面張力。當泡沫表面存在由極性表面活性物質形成的雙電層時，加入另一種極性相反的表面活性物質可以中和電性，破壞泡沫的穩定定性，使泡沫破碎。

或加入極性更強的物質與發泡劑爭奪泡沫表面上的空間，降低泡沫液膜的機械強度，進而促使泡沫破裂。當泡沫的液膜具有較大的黏度時，可加入某些分子內聚力小的物質，以降低液膜的表面黏度，使液膜的液體流失，導致泡沫破碎，從而達到目的。

根據消泡原理和發酵液的性質和要求，理想的消泡劑必須有的特點：消泡劑必須具有較低的表面張力，消泡作用迅速，效率高；PMI泡沫在氣液界面上具有足夠大的鋪展系數，即要求消泡劑具有一定的親水性；消泡劑在水中的溶解度較小，以保持其持久的消泡或抑泡性能；對發酵過程中氧的傳遞以及對提取過程中產物的分離、提取不產生影響。

耐高溫，不干擾溶解氧、ph等測定儀表的使用；消泡劑來源方便，價格便宜。PMI泡沫發酵工業常用的消泡劑分天然油脂類、聚醚類、醇類和硅樹脂類四大類，其中前兩類使用得多。常用的天然油脂類消泡劑有玉米油、豆油、米糠油、棉籽油和豬油等，除作為消泡劑外，這些物質還可作為碳源，但其消泡能力不強，所需用量大。

根據發酵過程泡沫的消長規律，對泡沫的控制可以采用兩種途徑：一種是減少泡沫形成的機會，通過調整培養基的成分（如少加或緩加易起泡的培養基成分）、改變某些培養條件（如ph、溫度、通氣量、攪拌速率）或改變發酵工藝（如采用分批投料）來控制。

機械消泡是一種物理消泡的方法，借助機械強烈振動或壓力變化起到破碎氣泡的作用。消泡裝置可安裝在罐內或罐外。罐內可在攪拌軸上方安裝消泡槳，泡沫借旋風離心場作用被壓碎，也可將少量消泡劑加到消泡轉子上以增強消泡效果。